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從不銹鋼發酵罐發生染菌的時間來看，染菌可分為4個不同的染菌時期，這對于發酵所產生的影響也是有區別的。

1、不銹鋼發酵罐培養期染菌
種子培養期，微生物菌體濃度低，培養基的營養豐富，比較容易染菌。一旦發現種子受到雜菌的污染，應經馬上滅菌處理，并對罐內、管道等進行仔細檢查和徹底滅菌。

2、不銹鋼發酵罐發酵前期染菌
在發酵前期，微生物菌體主要是處于生長、繁殖階段，此時期代謝的產物很少，相對而言也容易染菌，染菌后的雜菌將迅速繁殖，與生產菌爭奪培養基中的營養物質，嚴重干擾生產菌的正常生長、繁殖及產物的生成。

3、不銹鋼發酵罐發酵中期染菌
發酵中期染菌將會導致培養基中的營養物質大量消耗，并嚴重干擾生產菌的代謝，影響產物的生成。一般來說發酵中期染菌較難挽救，在生產過程中應盡力做到早發現，快處理。

4、不銹鋼發酵罐發酵后期染菌
由于在發酵后期，發酵產物已積累較多，如果染菌量不太多，對發酵影響相對來說就要小一些，可繼續進行發酵。對發酵產物來說，發酵后期染菌對不同的產物的影響也是不同的，如檸檬酸的發酵，染菌對產物的影響不大；抗生素、氨基酸等的發酵，后期染菌也會影響產物的產量、提取。